1963 – 1971: Höhen und Tiefen in der Bundesliga
Werder war 1963 einer der Gründungsvereine der Fussball-Bundesliga. Diese erste Saison wurde auf dem zehnten Rang abgeschlossen. 1964/65 konnte, ziemlich überraschend, die erste deutsche Meisterschaft eingefahren werden. Dabei wurde die Tabellenspitze vom 17. bis zum letzten Spieltag nicht mehr abgeben, dies auch ohne eigentliche Stars in der Mannschaft.
Das Jahr nach der Meisterschaft konnte noch auf Platz vier, die Saison 1966/67 nur noch auf Platz 16, vier Punkte vor den Abstiegsrängen, abgeschlossen werden. 1967/68 wurde die Vizemeisterschaft errungen, wobei man zwischenzeitlich auf dem 18. Tabellenplatz gelegen hatte. Trotzdem gelang es Werder in der Folgezeit nicht, sich unter den Spitzenvereinen der Bundesliga zu etablieren. Guten Platzierungen folgten immer wieder Ränge im Mittelfeld oder sogar nahe den Abstiegsrängen.
Doch es gab in dieser Phase auch kurioses: Am 3. April 1971, im Spiel gegen den Tabellenführer Borussia Mönchengladbach, kam es zu einer in der Bundesligageschichte einmaligen Situation: kurz vor Schluss beim Spielstand von 1:1 fielen zwei Spieler bei einer Torszene in das Netz des Bremer Tores. Die damals noch aus Holz gefestigten Tore brachen dadurch ein und das Tor fiel in sich zusammen. Während sich die Bremer bemühten, das Tor wieder herzurichten, gab es bei den Gladbachern Spielern und den Ordnern keine nennenswerten Anstrengungen. Die Gladbacher hofften aufgrund des Spielstandes auf ein Wiederholungsspiel. Da das Tor nicht wieder hergerichtet werden konnte, brach der Schiedsrichter das Spiel beim Stand von 1:1 ab. Da die Gladbacher kein Ersatztor bereitgehalten hatten, bekamen die Bremer nachträglich sogar beide Punkte gut gesprochen.